保存用户名密码真的有必要么？其实我倒认为把服务器的账号密码存在机器里是个不安全的习惯，最好能用公钥认证来做。
除了这个，你说的那些功能putty还真有。比如说复制和粘贴，看配置对话框（缺省就会首先弹出的），window->selection中就能配置。右键菜单也是在这里配置，选第一项windows模式就有右键菜单用了。我自己用的好像是缺省的配置吧，鼠标拖动即选择并复制，右键粘贴（相比起来，中键点起来要累些），中键可以扩展选择的范围。

其实putty最大的问题是不支持单窗口多标签，主站上用户的呼声很大，但似乎近期不会解决。

所以现在我在用xshell，家庭/学校使用是免费的。如果严格遵守软件的协议，在公司是不能用的，可以用Poderosa来代替，但它很久没有更新了。还有一个PuttyTabs可以用来管理保存的putty会话和多个窗口，是免费的。